Novinky

V izolovaném modulu Matrixu se dívka jménem Bugs setkává s programem, který spouští starý kód představující Trinityno objevení Neovy polohy, než ji Agenti Matrixu najdou.Bugs zjistí, že jeden z agentů se chová podivně, a zjistí, že je ve skutečnosti ztělesněním Morfea, a pomůže mu dostat se na svobodu, než bude uzel vymazán.

Thomas Anderson je úspěšný vývojář videoher, tvůrce trilogie her podle svých snů o Matrixu. V kavárně Anderson neustále potkává Tiffany, vdanou matku, která mu připomíná jeho sny o Trinity. Anderson má problémy oddělit sny od reality, a proto se poradí se svým terapeutem, který mu poskytne modré pilulky, které mu pomohou zachovat si zdravý rozum. V určitém okamžiku však odmítne léky užívat.

Mimo Matrix objeví Bugs a Morfeus v Matrixu Neův signál, přestože panuje všeobecné přesvědčení, že zemřel na konci Války strojů. Vystopují Neův signál k Andersonovi a uvědomí si, že podvědomě spustil modální instanci, aby umožnil vývoj Morfeovy role a nakonec se z Matrixu osvobodil. Bugs a její spojenci vstoupí do Matrixu, aby našli Neovo tělo v reálném světě. Přitom potřebné upřesnění zjistí, že Neův šéf Smith je ve skutečnosti agent Smith, který bedlivě sledoval Andersonovy aktivity. Bugs pomuže Andersonovi uniknout Smithovi z “režimu roje”, v němž jsou roboti splývající s lidmi obráceni proti cíli. Bugs a Morfeus Andersonovi vysvětlí, že se nachází v simulaci Matrixu, kterou sám vytvořil. Ten tomu zpočátku odmítá uvěřit, ale pak, když už jeho vnímání reality slábne, souhlasí, že se nechá vytáhnout.

Neo se probudí v modulu a vidí Trinity uvězněnou v podobném modulu poblíž toho jeho, ale strojové entity vyslané lidmi ho získají zpět dříve, než ji stihne osvobodit. Neo je převezen na Bugsovu loď Mnemosyne. V nakládacím konstruktu Morfeus odhalí, že Anderson stvořil Morfea jako součást dvou antagonistických sil, které mají Neovi pomoci stát se Vyvoleným přičemž tou druhou je agent Smith. Neo je odvezen do nové lidské bašty Io, kde se setkává se starou Niobe. Niobe mu vysvětlí, že od doby, kdy Neo dosáhl příměří se stroji, uplynulo v reálném světě šedesát let a lidé, kteří přežili, se spojili s některými stroji v Matrixu i mimo něj, aby bojovali proti anomálii, která ohrožuje celý Matrix. Niobe vezme Nea na setkání se Sati, exilovým programem, s nímž se již dříve setkal, která mu vysvětlí, že anomálie vznikla po válce strojů a nějakým způsobem Nea a Trinity vzkřísila a držela je v izolaci od ostatních. Ačkoli Neo chce Trinity zachránit, Sati před tím varuje. Niobe přikáže Neovi, aby zůstal mimo Matrix, ale Bugs, Morfeus a ostatní ji neuposlechnou, aby osvobodili Trinity.

Po koordinaci aktivit v Matrixu i mimo něj vstoupí Neo a Bugs do Matrixu, ale setkají se se Smithem a dalšími exilovými programy, kteří chtějí, aby se Matrix vrátil do své původní podoby. Zatímco Bugs a její posádka bojují proti vyhnancům, Neo se postaví Smithovi a pomalu si vybavuje své schopnosti ohýbat pravidla reality v Matrixu. Když je Smith poražen, odvede Bugs Nea do opravny Tiffany, ale než s ní Neo stihne promluvit, objeví se jeho terapeut a manipulací s časem Nea znehybní. Terapeut se pak ukáže jako Analytik, program, který je nástupcem Architekta a který má rovněž studovat lidskou psychiku. Vysvětlí, že když Neo a Trinity zemřeli, vzkřísil je, aby je studoval, a díky nesčetným iteracím zjistil, že zatímco když spolupracovali, přemohli systém, pokud jsou Neo a Trinity

Neo a Bugs jsou nuceni opustit Matrix, když jiná loď věrná Niobe přiveze Mnemosyne zpět na Io. Neo přesvědčí Niobe, aby ji nechal osvobodit Trinity. Uvnitř Matrixu Neo konfrontuje Analytika a požaduje, aby dodržel dohodu uzavřenou na konci Války strojů a propustil Trinity z Matrixu, pokud je to její vůle, a souhlasí, že se do Matrixu vrátí sám, pokud odmítne. Analytik souhlasí. Trinity je jako Tiffany přivedena k nim, a když je jí položena otázka, objeví se její rodina ve snaze nalákat ji, aby zůstala v Matrixu. V poslední vteřině tuto realitu odmítne a pozná, že je Trinity. Analytik se je chystá zabít, ale Smith zasáhne, dočasně analytika zastaví a dá Neovi, Trinity a ostatním čas na útěk. Analytik znovu vyvolá režim roje a Neo s Trinity se snaží získat čas, aby se Bugs a ostatní mohli dostat ven. Dvojice se nakonec dostane na vrchol mrakodrapu a protože nemá kam jít, skočí dolů v naději, že Neo s nimi odletí. Neovi se to nepodaří, ale Trinity nečekaně získá schopnost létat, což jim umožní uniknout a znovu získat kontrolu nad Matrixem.

Následně se Neo a Trinity vrátí, aby se postavili Analytikovi, slíbí mu, že Matrix zreformují, a ujistí ho, že pokud se pokusí znovu převzít kontrolu, bude čelit hrozivým následkům. Neo i Trinity odlétají.